Izvor mikroskopa sega v 16. stoletje. Čeprav sta koncept povečave in leč poznan že stoletja, je bil v tem času dosežen pomemben napredek pri razvoju optičnih instrumentov za povečevanje majhnih predmetov.
Zasluge za izum sestavljenega mikroskopa, ki uporablja več leč za povečavo predmetov, se pogosto pripisujejo nizozemskemu znanstveniku Zachariasu Janssenu. Okrog leta 1590 sta Janssen in njegov oče Hans Janssen, ki sta bila izdelovalca očal, izdelala mikroskop tako, da sta v cev postavila več leč. Ta zgodnji mikroskop je bil pomemben preboj, saj je omogočal večjo povečavo in izboljšano jasnost v primerjavi s prejšnjimi povečevalnimi napravami.
Mikroskop Hansa in Zachariasa Janssena je imel omejitev v tem, da je imel kromatsko aberacijo, kjer so se različne barve osredotočile na različne točke, kar je povzročilo zamegljene slike. To omejitev je kasneje obravnaval drugi nizozemski znanstvenik, Antonie van Leeuwenhoek. V poznem 17. stoletju je Leeuwenhoek izpopolnil zasnovo mikroskopa in razvil lastne močne leče. Dosegel je izjemno povečavo in bil prvi, ki je s svojimi mikroskopi opazoval in dokumentiral mikroorganizme, kot so bakterije in praživali.
Leeuwenhoekovi mikroskopi so bili preproste naprave z eno lečo, znane kot "preprosti mikroskopi" ali "Leeuwenhoekovi mikroskopi". Ti mikroskopi so bili sestavljeni iz majhne, visokokakovostne steklene krogle, nameščene na kovinsko ploščo, vzorec pa je bil nameščen na konici igle. S skrbnim prilagajanjem razdalje med vzorcem in lečo je Leeuwenhoek dosegel povečave do 270-krat.
Razvoj in izpopolnjevanje mikroskopov sta se nadaljevala skozi stoletja, s prispevki drugih pomembnih znanstvenikov, kot sta Robert Hooke in Ernst Abbe. Hookova knjiga "Micrographia", objavljena leta 1665, je prikazala njegova opazovanja z uporabo mikroskopov in popularizirala uporabo mikroskopov v znanstvenih raziskavah.
Danes so mikroskopi postali nepogrešljivo orodje na različnih področjih, vključno z biologijo, medicino, znanostjo o materialih in nanotehnologijo. Razvili so se v zelo napredne instrumente, ki lahko dosežejo neverjetno visoke stopnje povečave in ločljivosti, kar znanstvenikom omogoča raziskovanje zapletenih podrobnosti mikroskopskega sveta.