Mikroskop je eden največjih izumov človeštva. Pred njegovim izumom so bile človeške predstave o svetu okoli sebe omejene na uporabo s prostim očesom ali držanje leč, ki so pomagale videti s prostim očesom.
Mikroskopi so odprli povsem nov svet v človeški viziji in prvič videli notranje delovanje na stotine "novih" drobnih živali in rastlin, od človeških teles do rastlinskih vlaken. Mikroskopija tudi pomaga znanstvenikom pri odkrivanju novih vrst in zdravnikom pri zdravljenju bolezni.
Prve mikroskope so izdelali na Nizozemskem v poznem 16. stoletju. Izumitelja sta bila nizozemski optik Yas Jensen ali drug nizozemski znanstvenik Hans Lipsch, ki je izdelal preproste mikroskope z dvema lečama, vendar s temi instrumenti ni naredil nobenih pomembnih opazovanj.
Dva človeka sta pozneje začela uporabljati mikroskope v znanosti. Prvi je bil italijanski znanstvenik Galileo Galilei. Prvič je opisal žuželko skozi mikroskop po njenih sestavljenih očeh. Drugi je bil nizozemski trgovec s platnom Leeuwenhoek (1632-1723), ki se je sam naučil brusiti leče. Prvič je opisal številne drobne rastline in živali, nevidne prostemu očesu.
Leta 1931 je Ernst Ruska revolucioniral biologijo z razvojem elektronskega mikroskopa. To omogoča znanstvenikom, da opazujejo predmete, majhne kot milijoninke milimetra. Leta 1986 je prejel Nobelovo nagrado.